سخنان قاطع رئيس مجلس در محکوميت حکم اعدام دکتر هاشم آغاجری موجی از خشم و توطئه را در ميان رهبران جبهه ضد اصلاحات بوجود آورده و در روزهاي آينده (بويژه در جريان مراسم دولتی روز قدس) احتمال شعارهائی عليه وی و حتي تعرض به مجلس پيش بيني می شود.

حجت الاسلام کروبی در اين سخنان حکم صادره براي هاشم آغاجری را يک "حکم ننگين" خواند و اين مستقيما بخش امنيتی قوه قضائيه و شخص رئيس اين قوه را در نظر داشت.

پس از اين سخنان و همزمان با آغاز حملات تبليغاتي عليه رئيس مجلس، نمايندگان مجلس در يک نامه سرگشاده با امضای 160 تن از نمايندگان مجلس حمايت خود را از اعتراض قانونی دانشجويان  اعلام کردند که بدنبال آن يورش تبليغاتی که عليه رئيس مجلس پيش بينی شده بود يکبار ديگر کل مجلس را در بر گرفت. رئيس مجلس خبرگان رهبری و امام جمعه موقت قم ( امام جمعه رسمی شهر قم آيت الله منتظری است که با حکم آيت الله خمينی به اين سمت گمارد شد) نيز واکنش خود در برابر سخنان رئيس مجلس و نامه 160 نماينده مجلس را با پيش کشيدن قدرت و موقعيت مجمع تشخيص مصلحت نظام بعنوان رکن چهارم نشان داد. او کوشيد مجلس را بی اعتبار نشان دهد و زمينه برخورد با آن را فراهم آورد. آيت الله مشگينی نخستين طراح ضرورت صدور حکم اعدام برای هاشم آغاجری بود و گفته می شود قاضی همدان سخنان مشگيني در نماز جمعه قم را يک فتواي دينی تلقی کرده و براساس آن برای آغاجری حکم صادر کرده است. رکن چهارم که آيت الله مشگينی آن را بيان کرده، رکن عجيب و ناشناخته اي نيست. اين قوه و رکن نه در قانون اساسی جمهوری اسلامي وجود دارد و نه در قانون اساسي شاهنشاهی وجود داشت، اما در زمان شاه، کودتاچيان "دربار شاهنشاهي" را رکن چهارم مي ناميدند و از صدر مشروطه تاکنون نيز مردم مطبوعات آزاد را رکن چهارم می شناسند.

متن نامه 160 نماينده به حمايت از اعتراض دانشجويان که ظاهرا خشم جبهه ضد اصلاحات را تا حد برخوردهای تندتر با مجلس برانگيخته به شرح زير است:

نامه 160 نماينده مجلس در حمايت از دانشجويان معترض

 اساتيد و دانشجويان دانشگاه‌هاي سراسر كشور، دانشجويان عزيز و آگاه؛ صدور حكم اعدام براي استاد فرهيخته، ‌متدين و جانباز، دكتر هاشم آغاجري، به جرم ابراز عقيده نه كاری است خرد. بر اين مصيبت اگر جان فشانيم رواست.

واكنش قاطع روحانيت متعهد و حركت اعتراضی آگاهانه و سراسري دانشگاه‌ها نشانه ی زخم عميقی است كه اين حكم بر باورها و اعتقادات و آرمانهای مردم ايران وارد كرده است و جا دارد كه تا لغو كامل اين حكم ننگين همه‌ی فرهيختگان و عالمان و انديشه ورزان در اعتراض به اين حكم كه مشروعيت و حقانيت نظام اسلامی را هدف قرار داده است پا برجا بمانند.

بي‌شك آنها كه با طراحی از قبل، اين حكم را صادر كردند درصدد آن هستند تا به هر بهانه‌ای حركت آگاهانه شما عزيزان را به آشوبگری و هرج و مرج متهم كنند. همانگونه كه نسبت به اعتراضات دانشجويی پس از هجوم شبانه و جنايت آميز به كوي دانشگاه در 18 تير سال 78 عمل شد و با برچست آشوب طلبی مظلوميت دانشجويان را مضاعف ساختند. آنچه سبب مي‌شود تا خشونت ورزان در سناريوي خود ناكام بمانند تداوم فرياد شما در عين آرامش، استمرار اعتراض شما در عين پايبندی كامل به مقررات و بيان خواسته‌های بر حق شما در عين رعايت موازين قانونی و پرهيز از هرگونه حركت، شعار يا اقدامی است كه بهانه ی شكستن حرمت دانشگاه و اعمال فشار و برخورد با اساتيد آگاه و دانشجويان بيدار را فراهم نمايد.

ما نمايندگان مجلس شوراي اسلامی قدردانی و سپاس خود را به محضر همه‌ی عزيزانی كه تاب تحمل اين فاجعه را نياوردند و اعتراضات قانونی خود را به هر نحو به گوش عاملين اصلي و فرعی صدور اين حكم شگفت‌انگيز رساندند و داغ ننگ محاكمه و اعدام به جرم داشتن عقيده را بر پيشانی تابناك اسلام و جمهوري اسلامی ناروا دانستند ابراز مي‌داريم.

ما ضمن ابراز خرسندي،‌ از بر ملا شدن بي‌اعتباری اين حكم ننگين، اميدواريم اعتراضات مسوولانه و دردمندانه شما دانشگاهيان و دانشجويان عزيز نقطه‌ي پايانی بر اقدامات تشنج آفرين و بحران‌سازی باشد كه طي سالهای اخير همواره مصالح و منافع ملی كشور و اعتبار و حيثيت را به چالش كشيده است.