گفته می شود در جلسه شورای عالی امنيت ملی که بمنظور بررسی بحران ناشی از صدور حکم اعدام برای هاشم آغاجری تشکيل شده بود محمد خاتمی خطاب به علي لاريجانی که عضو اين شوراست گفته است:

 "آغاجري حرف غلط زد و شما غلط زيادي کردی و مملکت را به آشوب کشاندي." با توجه به نقشی که قائم مقام علي لاريجانی "آقامحمدي" در صدور حکم اعدام برای هاشم آغاجری داشته، اين سخنان محمد خاتمی را می توان اطلاع او از نقش لاريجانی در اين ماجرا تلقی کرد.

گفته می شود علي لاريجانی پيغام آور ضرورت صدور حکم اعدام برای هاشم آغاجری از ستاد 5 باضافه 1 بوده و آقا محمدی اين پيام را به قاضی دادگاه آغاجری رسانده و دادگاه را تا صدور حکم هدايت کرده است. با توجه به همين مناسبات و ارتباط است که در جريان تظاهرات اعتراضي دانشجويان سيمای جمهوري اسلامی يک مصاحبه اختصاصي برای صادر کننده حکم اعدام آغاجری ترتيب داد و او با تحريف و جعل سخنان آغاجري کوشش کرد صدور اين حکم را توجيه کند.

علی لاريجانی که از حمايت قاطع آيت الله جوادی آملی دائی خود برخوردار است و به شاخه انگليسی کارگزاران جمهوري اسلامی شهرت دارد، با توجه به مناسباتی که با بيت رهبري دارد پيوسته منتظر صدور فرمان کفالت رياست جمهوری است تا پس از سرکوب جنبش مردم، تغيير قانون اساسی و حذف پست رياست جمهوری از اين قانون به سمت نخست وزير پيشنهادی بيت رهبری به مجلس آينده معرفي شود!

علی لاريجانی از حمايت طيف روحانيون معاود عراقی نيز برخوردار است که اکنون عمده ترين و حساس ترين پست های امنيتی و قضائي را در جمهوری اسلامي دراختيار دارند.