محمد خاتمی  رئيس جمهور، طی سخنانی در همايش «چالش‌ها و چشم‌اندازهای توسعه‌ی ايران» گفت من نتيجه انتخابات شوراها را پيش بينی كرده بودم. وی فاش نساخت در كدام محفل حكومتی و در گفتگو با كدام مقامات كليدی  نظام نظرات خود را پيش از انتخابات شوراها و درباره نارضائی وسيع مردم از نظام و واكنش منفی آنها بيان داشته گفت:

خاتمي: انتخابات اخير درسهايی داشت كه نگرانی ما نسبت به آينده‌ مطلوب انقلاب اسلامی را افزون كرد.
آنچه كه در اين موقعيت اتفاق افتاده يك زنگ خطر است. اگر محور، مردم هستند، اگر در جنگ مردم بايد حضور يابند و به هنگام تحريم اقتصادی، مردم بايد سختي‌ها را تحمل كنند، اگر اين مملكت بايد به وسيله‌ فرزندان مردم ساخته شود و اگر مردم همه‌كاره هستند، بنابراين بايد در عرصه حضور داشته باشند. دلسردی وقتی پيدا مي‌شود كه مردم احساس كنند خواست آنها با خواست حاكمانی كه آنها را به قدرت رسانده‌اند يكسان نيست و اثر اين دلسردی، رويگردانی از مجموعه‌ی نظام و حاكميت است .
رييس‌جمهور دلسردی مردم را برای انقلاب و نظام، خطر بزرگی دانست و افزود: ناتوانی در اجرا و مديريت موضوعی جداست و احساس اينكه مجموعه‌ قدرت همسو با خواست مردم نيست، موضوعی ديگر است .
خاتمی عملكرد نادرست، بي‌اعتنايی به قانون و قلدری به جای اقتدار را زمينه‌ساز انحراف افكار عمومی و ايجاد ذهنيت برای حمله به انقلاب و نظام دانست. خاتمی به سرنوشت حركتهای آزادي‌خواهانه‌ مردم ايران در سده‌ اخير اشاره كرد و گفت:

وقتی مردم از حركت‌های انجام شده، مايوس شوند، ممكن است به ديكتاتوری روی آورند، زيرا برای دموكراسی بديلی جز خودكامگی وجود ندارد، ديكتاتوری نيز جز با اتكا به قدرت‌های بيگانه در هيچ كشوری روی كار نخواهد آمد، ديكتاتوری  صالح و سازگار با منافع ملی هم وجود ندارد. نگرانی من اين است كه وجود ديكتاتورانی مثل صدام مردم را قانع كند كه ولو يك بيگانه بيايد اين ديكتاتور را از صحنه خارج كند و آنها نفس راحتی بكشند؛ اين خطر بزرگی است. خاتمی تاكيد كرد : ما در موقعيت حساسی هستيم، مردم هشدار مي‌دهند و به شرطی كه خودمان را اصلاح كنيم، فرصت هنوز باقی است .