علي‌اكبر موسوی خوئينی سخنانش را در نخستين كنگرة سازمان دانش‌آموختگان ايران اسلامی (ادوار تحكيم وحدت) گفت:

 جنبش اصلاح‌طلبانة ملت ايران امروز مواجه با چالشها، بحرانها، تهديدها و كارشكني‌های عديده‌ای است. نخبه‌كشی سكة رايج بازار سياسی در ايران شده است. فرار مغزها سير صعودی گرفته، فعالان سياسی ـ مطبوعاتی و دانشگاهی به بهانه‌های نخ‌نما و بي‌اعتبار محاكمه و زندانی مي‌شوند، با گروهها و احزاب سياسی تأثير‌گذار برخورد حذفی مي‌شود، نشريات قبل از انتشار توقيف مي‌شوند، نهادهای موازی انتصابی، نهادهای انتخابی قانونگذار و اجرايی خصوصا مجلس شورای اسلامی را «فشل» كرده‌اند.
موسوی خوئينی با انتقاد از حصر آيت‌الله منتظری افزود: مسوولان بايد پاسخ بگويند كه در ريزش امثال كديور، نوری، خوئيني‌ها، طاهری اصفهانی، آقاجری، كرباسچی، مهاجرانی، عبدی، سحابی، گنجی، باقی، افشاری و امثالهم كدام رويش مناسب را داشته‌اند؟
دبيركل سازمان دانش‌آموختگان ايران اسلامی اظهار داشت: دفتر تحكيم به عنوان تشكلی كه با نظر مساعد بنيانگذار فقيد جمهوری اسلامی ايران مجال فعاليت يافت، از همان آغاز مشخص ساخت كه تريبون ناگزير دانشجو است. از طرفی شورای مركزی و كادر رهبری تحكيم وحدت كه از بين توده سيال و دگرگون‌شوندة دانشجويی انتخاب مي‌شوند، همواره ماهيتی سيال داشته است. از اين روست كه دفتر تحكيم زمانی به عنوان بازوی اجرايی حاكميت در درون دانشگاه عمل مي‌كند و در زمانی ديگر چنان مطالباتی را راهبری مي‌كند كه حتی حاضر به مباحثه و گفت‌وگو با راديكال‌ترين چهره‌های اصلاح‌طلبی نمي‌شود.
وی افزود: بي‌پرده بايد گفت كه كادر رهبری دفتر تحكيم وحدت نه به سبب مؤلفه‌های متعارف، كه به يمن شرايط احساسی به وضعيت مذكور مي‌رسند. اين فرآيند از كوچكترين اعضای دفتر شروع و تا بالاترين مقاطع ادامه دارد و چنين است كه بعضا چند صباحی در زندان بودن، بزرگترين علت موفقيت افرادی مي‌شود كه همگان آنان را سخنگوی جنبش دانشجويی مي‌نامند. دفتر تحكيم به علت شركت در مسابقه‌ بدون حريف توانسته است مدالهای گوناگون را بر گردن خود ببيند.
او نمونه صادق اين ادعا را عمدة شوراهای صنفی دانشجويی ذكر كرد كه در شرايط متعادل و نرمال بحق توانسته است با پرداختن به ديگر دغدغه‌های فرهنگی ـ اجتماعی جوانان دانشجو، بسياری از پيش‌فرض‌های به ظاهر قطعی را برهم زند.
 نظر به برگزاری قريب‌الوقوع دومين انتخابات شوراها در اسفندماه سال جاری، با وجود كاستي‌های موجود در قانون شوراها و مانع‌تراشی شورای نگهبان نسبت به نكات بازنگري‌شده توسط مجلس شورای اسلامی و عدم موفقيت و انحلال شورای شهر تهران و با توجه به اهميت اين نوپای مدنی ـ مردمی و مثبت بودن نتايج آزمون عملكرد شوراها در بسياری از شهرهای ايران و كشورهای مختلف، به اطلاع مي‌رسانم اين سازمان با تشكيل كميته‌ای پنج نفره مركب از اعضای شورای مركزی و عمومی خود با جديت لازم و البته تأمل نسبت به ريشه نگرانيهای موجود بر سر راه مشاركت مردمی در اين انتخابات، بزودی برنامه و نظر خود را راجع به اصل و نحوه شركت در اين انتخابات اعلام خواهد كرد.