عمادالدين باقی پس از رهائی از زندان اوين و بازگشت به خانه، در نخستين مصاحبه خود با خبرگزاری ايسنا گفت:

« آنها كه از زور عليه مخالفان فكری، سياسی خويش استفاده مي‌كنند، بايد بيدار شوند. زندان اگر سه سال و 5 سال و 10 سال هم به طول بينجامد، تمام خواهد شد و زندانی بيرون مي‌آيد و در طول مدت حبس از لحاظ فكری تجهيز مي‌شود.   روشی كه در سه سال گذشته برخی مشاوران به جناح راست توصيه و تفهيم كرده‌اند؛ اين جناح را به قعر چاه فرستاده و ضربه‌ای كه به لحاظ حيثيتی به خاطر استفاده از زور و دفاع از اين روش نصيب‌شان شده، اين است كه تا صد سال ديگر هم نمي‌توانند كمر راست كنند. در قرون ميانی اروپا برخی جريانات به گونه‌ای عمل كردند كه با گذشت چهارصد سال هنوز هم آن اعمال همچون پتك بر سر آنان كوبيده می شود و همين بلا بر سر جناح مخالف اصلاحات در ايران خواهد آمد. تنها راه گريز از اين سرنوشت آن است كه بخش معقول آنان راه خويش را جدا كرده و صريحا اين شيوه‌ها را محكوم كنند.

 جمهوری اسلامی از اين شانس استثنايی برخوردار است كه برآمده از انقلابی عظيم و مردمی بوده و ساز و كارهای نسبتا دموكراتيك در قانون اساسی آن تعبيه شده و نبايد گذارد با روش‌های كنونی اين شانس بي‌اعتبار شود.

مسوولان دستگاه قضايی بايد قدری دورانديشانه‌تر عمل كنند. زندان ابزار كارآمدی نيست، نه عليه جرايم عادی، نه عليه جرايم سياسی . حتی در مورد جرايم عادی، تمام مطالعات جامعه‌شناسان در دو قرن اخير نشان داده است كه زندان نرخ جرم را كاهش نداده و برعكس موجب پيدايی مجرمان حرفه‌ای شده است. در خصوص جرم سياسی به طريق اولی ثمری نخواهد داشت. شما بنگريد كه چند نفر زندان رفته و تسليم شده و اگر هم اظهار ندامت كرده‌اند بر اين موضع مانده‌اند؟ پس هيچ مشكلی به وسيله‌ی زندان حل نشده بلكه تشديد مي‌گردد.
در مورد زندانيان فكری كسی كه به زندان مي‌رود يك نفر است او در زندان زندگی مي‌كند و خودش را با سختي‌ها تطبيق مي‌دهد و اگر هزينه‌ای بپردازد هزينه‌ شخصی است نه هزينه‌ اجتماعی چون از لحاظ اجتماع آسيب نمي‌بيند، اما در مورد استفاده ‌كنندگان از حربه‌ زندان درست برعكس است اگر سودی در كار باشد سود موقتی و شخصی است ولی هزينه‌ آن اجتماعی است و سلب اعتبار اجتماعی را در پی دارد.  در برابر هزينه‌ شخصی يك يا چند زندانی يك سيستم هزينه مي‌دهد، قوه‌ قضاييه آسيب مي‌بيند و در تمام دنيا انگشت اتهام را مطلقا متوجه چند قاضی رده پايين دستگاه قضايی نمي‌كنند، بلكه سيستم را هدف قرار داده و حتی انگشت اتهام را متوجه ديگر مقامات مي‌كنند و اين معقول نيست كه آنان چنين هزينه‌ای بپردازند.
اشتباه است كه گمان شود برخی اقدامات در تل حوادث روزگار فراموش مي‌شوند. حافظه‌ تاريخی جامعه را نبايد دست كم گرفت. برای مثال حصر آيت‌الله منتظری تمام شد ولی اين 5 سال و اندی در تاريخ ثبت شده است. تا تاريخ ، تاريخ است خواهند گفت كه در چه زمانی و با چه كسانی چگونه رفتار شد.
در جوامع متمدن در قرن بيستم دوره استفاده از زندان عليه مخالفان فكری به پايان رسيد و در هزاره سوم حتی در مورد استفاده از زندان عليه بزه‌كاري‌ها نيز تعديل شده و انواع مجازاتهای جايگزين را مقرر مي‌دارند؛ مانند جريمه، دستبند الكترونيكی، زندان تحت نظارت و غيره آن هم برای جرايم واقعی كه توسط هيات منصفه‌ای واقعی محكوم مي‌شود، در دنيای امروز اساسا ديگر برای عقيده و بيان انديشه مخالف مجازات وجود ندارد. امروزه با زندانی كردن مخالفان فكری و سياسی مبارز حرفه‌ای درست نمي‌كنند كه برای سيستم‌ها خطرناك است به ويژه كه چنين افرادی تبديل به يك گروه مرجع و الگو در جامعه خواهند شد و سيستمها را با دشواري‌های حل ناشدنی روبرو خواهند ساخت."
باقی در پايان گفتگوی خود گفت:

« از هنگامی كه درگيري‌های پايگاه نيروی هوايی در 19 بهمن آغاز شد و خبر آن به ما رسيد من به آنجا رفتم و تا 22 بهمن كه انقلاب پيروز شد در درگيري‌ها بودم. پس از دو روز كه به خانه بازگشتم چون پي‌درپی خبر انتقال اجساد درگيري‌ها به بهشت‌زهرا در شهر پخش مي‌شد، خانواده‌ام گمان كرده بودند شهيد شده‌ام. مادر و خاله و برخی همسايگان در خانه‌ ما تجمع كرده و لباس مشكی پوشيده بودند. روز بعد يعنی 23 بهمن به زندان اوين رفتم. اوين معروف‌ ترين زندان امنيتی خاورميانه بود و مو بر اندام افراد راست مي‌كرد، اما آن روز خالی شده و به نمايشگاه عمومی تبديل شده بود.  درها باز و مردم با دوچرخه و موتور و پای پياده از سراسر زندان بازديد مي‌كردند و قصه‌ها مي‌ساختند. يكی به ديگری مي‌گفت مواظب باشد آن طرف جدول مين‌گذاری شده است. ديگری به درگاهی اشاره مي‌كرد و مي‌گفت مثل اين كه آن جا سياهچال است. اين زندان اينك زير پای مردم بود. مدتی پس از اين كه من زندانی شدم، روزنامه‌ حيات نو در معرفی كتاب فرادستان و فرودستان به اين خاطره اشاره كرد و نوشته بود معلوم نيست آيا آن روز «باقي» فكر مي‌كرد كه روزگاری خودش در اين جا زندانی شود. نكته‌ جالب اين است كه ما در بند 325 زندانی بوديم. پيش از انقلاب بسياری از زندانيان سياسی مانند آيت الله منتظری و آيت الله طالقانی و جناب آقای كروبی و رفسنجانی و ... در اين جا زندانی بودند."