اولين كنگره‌ سراسري مجمع روحانيون مبارز، با عنوان ”مجمع روحانيون، فسلفه‌ تشكيل و چشم انداز آينده” برگزار شد.
 علاوه بر اعضاي شوراي مركزي مجمع روحانيون مبارز و تعدادي از فعالان سياسي و نمايندگان مجلس، دبيران كل جبهه مشاركت، سازمان مجاهدين انقلاب اسلامي و حزب همبستگي نيز در اين کنگره حضور داشتند.
حجت الاسلام کروبی  دبیرکل مجمع روحانیون مبارز در گزارش خود در این کنگره گفت:

از آنجا كه مجمع روحانيون مبارز با پسوند تهران بود براي آن كه بتوانيم در تمامي ايران كانديدا داشته باشيم، اين پسوند را از طريق وزارت كشور حذف كرديم و دفاترمان را تشكيل داديم.هر چه بيشتر از تاريخ تصويب مجمع مي‌گذرد، ما از افراد بيشتري براي عضويت دعوت مي‌کرده ایم. هم‌چنان ‌كه از خسروي و رضوي فقيه دعوت به همكاري كرديم.  در مرحله‌ ديگري هم از عزيزان ديگري دعوت كرديم و آيت‌الله بجنوردي و ذاكري و نورمفيدي نيز دعوت ما را پذيرفتند.
دبيركل مجمع روحانيون مبارز: امام در يكي از سخنراني‌ها اعلام كردند كه ما بايد تابع ملت باشيم، آن كه استقلال كشور را مي‌خواهد در هر مسلكي كه هست بايد به دنبال ملت برود كه اساس نظام هم همين است. اکنون نیز اهداف  مجمع روحانیون پياده شدن اين آرمان و تفكر است.
کروبی برخی نصايح آیت الله خمینی را در خصوص اهميت انتخابات  در کنگره قرائت كرد و گفت:

حكومتيان و مسوولان بايد بستر لازم را براي حضور گسترده‌ مردم فراهم آورند، و در اين ميان هيچ كس نه شوراي نگهبان و نه وزارت كشور نبايد از قانون تخطي كنند.
 مجمع روحانيون مبارز تلاش خواهد كرد كه در چارچوب قانون اساسي در انتخابات مجلس هفتم شركت كند.
 بازخواني، تاكيد و تعريف مجدد از مواضع مجمع در مقطع حساس و سرنوشت ساز كنوني كشور، در آستانه‌ انتخابات مجلس هفتم از اهداف اولين كنگره‌ مجمع روحانيون مبارز است.
 

دراین کنگره علاوه بر حجت الاسلام کروبی، دیگر اعضای رهبری و نمایندگان استانی مجمع نیز سخنرانی کردند و دیدگاه های خود را درباره مسائل کشور بیان کردند. از جمله آیت الله
 موسوي بجنوردي  که او را در قم جانشین آیت الله منتظری در امور طلبه های حوزه می شناسند و خود نیز از شجره آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی است گفت:

هر مسلماني حق دارد، سران حكومت اسلامي را نه به عنوان تضعيف، بلكه بنابر اصلاح و عملكرد و رفتار، آنان را نصيحت كند.
 از حكومت‌هاي قبلي تا مدرن امروزه، عقلاي جامعه بهترين فرد را براي مديريت جامعه گزينش كرده‌اند، جامعه با عدالت اجتماعي، نظم و قانون و جلوگيري از ظلم و تعدي و برقراري امنيت به عنوان يك فرهنگ از مسائل اساسي در مساله‌ حكومت بوده است، كه اسلام هم از اين مساله مستثني نيست؛ بلكه با گزينش بهترين امر در پي اجراي احكام است.  تشكيل حكومت نقش مردم و مقبوليت در جامعه امري اساسي است.
در همین ارتباط،  جزء متمم ولايت فقيه حدوثا و بقاءا، مقبوليت عامه اس، اما مردم حق نظارت بر عملكرد حكومت و مسوولان را به نمايندگان خود در مجلس شوراي اسلامي واگذار كرده‌اند، اما اطاعت دولت از مردم در مقابل نظارت مردم بر دولت، به حكم عقل است و نمي‌توان آن را جزو حقوق دانست.
بجنوردي درباره‌ اهميت مجلس به عنوان ركن حياتي نظام خاطرنشان كرد: شركت در انتخابات، وظيفه‌ ملي و شرعي همه‌ ماست. چون امروز حيثيت نظام به اين انتخابات وابسته است كه نظام واجب افضل است.
من استقلال، آزادي و تماميت ارضي در پرتو اسلام را منوط به انتخابات مجلس هفتم  میدانم. از شورای نگهبان می خواهم آینده اسلام   و وضعيت حال مردم را در نظر گيرد، بنابراين به شوراي نگهبان توصيه مي‌كنم كه كمي سعه‌ صدر داشته باشد.
 
آیت الله بجنوردی در پايان سخنرانی خود، با تاکید بر حمايت خود از رييس جمهورگفت:  امام خميني اولين منادي اصلاحات بودند و خاتمي تداوم راه امام است؛ اين حركت ديگر نمي‌ايستد، زيرا راه رهبر انقلاب است و تا قيام حضرت مهدي ادامه خواهد داشت.

 مجيد انصاري نماینده مجلس ششم و نماینده مجلس خبرگان و عضو رهبری مجمع روحانیون مبارز نیز در این کنگره گفت:

در طول شش سال گذشته جريانات مشكوك و مخالف اصلاحات در تبليغات مستمر كوشيده‌اند عملكرد مجلس و دولت را ناموفق و يكپارچه سياه و نااميدكننده جلوه